第一階段：復雜的有機物，如糖類、脂類和蛋白質等，在產酸菌(厭氧和兼性厭氧菌)的作用下被分解成為低分子的中間產物，主要是一些低分子有機酸，如乙酸、丙酸、丁酸等和醇類，如乙酸等，并有氫、二氧化碳、NH 4+ 和H2S等產生。此階段被稱為酸性發酵階段，或稱產酸階段。

第二階段：產甲烷菌(專性厭氧菌)，將第一階段產生的中間產物繼續分解成甲烷和二氧化碳等。

厭氧生物反應器實驗裝置主要配置：

1、原水箱1只：白色PP板材質、厚度10mm，350×300×400mm、底板上安裝有放空閥，方便將水排凈；

2、清水箱1只：白色PP板材質、厚度10mm，200×300×400mm，底板上安裝有放空閥，方便將水排凈；

3、配原水箱攪拌電機1臺、304不銹鋼攪拌槳1套；(功率25W、轉速120rpm)、(含調速器1只)

4、厭氧反應器裝置1套，上部為分離器1組、透明有機玻璃材質、壁厚8mm，Ø300×600mm；

5、防腐蝕提升磁力水泵1臺、流量：16～19(L/min)、揚程：2.7～3.4(m)功率20W；

6、電源控制系統：雙面亞光密紋噴塑電控箱1只、漏電保護器、電壓表、帶鎖按鈕開關、線管等組成；

7、配套UPVC連接管道和閥門(中財品牌)；

8、不銹鋼框架實驗臺(30mm×30mm不銹鋼方管、配腳輪為萬向輪帶禁錮腳)等組成。